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CodeIgniter3.xをcronから、あるいはコマンドプロンプトから起動する場合、

cd /var/www/httpdocs; php index.php controllername argv

みたいな感じで、カレントディレクトリをCodeIgniterインストールディレクトリに移動したうえで、phpコマンドでindex.phpを実行すれば良い。コントローラ名や引数はその後にスペース区切りで指定する。

CodeIgniterのcontroller側で、コマンドライン以外からの実行を除外したい場合、以下のようにすれば良い。

if(!is_cli()){return;}

is_cli はコマンドラインからの実行出ない場合、 false を返す。